Depuis le blocus de la planète Naboo par la Fédération du commerce, survenu dix ans plus tôt, la République vit dans la prospérité grâce aux bonnes actions du chancelier Palpatine. Malgré tout, la paix ne règne pas d'un bout à l'autre de la galaxie. Des dissidents font part de leur mécontentement envers le fonctionnement de la République.
De ce groupe, le comte Dooku en est l'un des principaux fers de lance. Il est également l'un des vingt Jedi hérétiques à avoir tourné le dos à l'Ordre des Jedi, ce qui soulève de l'inquiétude à la fois au Sénat et dans la population intergalactique. Padmé, ayant cédé le trône de Naboo à Jamillia pour prendre le rôle de sénatrice, croit résolument que la République doit se doter d'une solide armée avant que les incidents ne s'enveniment davantage et elle s'envole pour Coruscant débattre son point.

À peine a-t-elle atterri sur la planète, son vaisseau explose! Cordé, son double, la remplaçait à bord. Padmé, de son vaisseau d'escorte, n'a pu que regarder avec stupéfaction l'attentat porté contre elle. Obi-Wan Kenodi et Anakin Skywalker, son disciple, prennent rapidement des nouvelles de Padmé. Mais la situation ne s'améliore guère : un chasseur de prime tente d'assassiner l'ancienne reine quelques heures plus tard; une tentative que font échouer les deux Jedi. Afin d'assurer la sécurité de Padmé, il est décidé par le Conseil des Jedi qu'Anakin la ramènera à Naboo. Anakin sait qu'il devra mettre de côté ses sentiments envers la sénatrice durant ce devoir, mais l'amour est une chose bien difficile à maîtriser, et ce, même pour un Jedi.
De son côté, Obi-Wan s'envole vers Kamino. Des indices lui portent à croire que quelque chose d'insidieux se trame sur cette planète bleue, mais quoi? Isolée dans l'un des immenses édifices qui recouvrent tout Coruscant, une sombre figure contacte le comte Dooku: Obi-Wan ne doit pas voir de son vivant le secret de Kamino.