La Fédération du Commerce impose à la planète Naboo un embargo draconien, que fait respecter une armada de vaisseaux de guerre. Mais la reine Amidala refuse de se soumettre. Afin de débloquer la situation, le Chancelier suprême de la République a envoyé deux chevaliers Jedi, Qui-Gon Jinn et son disciple Obi-Wan Kenobi, entamer des négociations diplomatiques avec le vice-roi, le Neimodian Nute Gunray. Mais une fois à bord du vaisseau amiral, tous deux découvrent que la Fédération, contrôlée par le mystérieux Dark Sidious, a d'ores et déjà décidé l'invasion. Qui-Gon Jinn et Obi-Wan Kenobi parviennent à rejoindre Naboo et sauvent la vie d'un batracien gaffeur de la race des Gungans, Jar Jar Binks...