L'oracle a parlé une fois de plus. La calamité guette toute la matrice. Malgré la brève rencontre et l'avertissement, Néo n'arrive pas à saisir toute l'ampleur des paroles de l'oracle. Depuis sa dernière rencontre avec elle, de nombreux événements l'ont amené à mieux comprendre la matrice et à en maîtriser les rouages pour finalement devenir l'élu. De grands accomplissements certes, mais qui ne lui permettent guère d'anticiper l'avenir et de sauver les gens captifs de la matrice comme il le voudrait.

Néo voit ses réflexions rapidement interrompues : la matrice lance une offensive insoupçonnée. Elle n'a qu'un but en tête : les éliminer, lui et ses complices. Et elle est prête à tout pour y parvenir. Tellement que l'action qu'elle a entreprise pourrait également causer sa perte si elle perd le contrôle. Car, étant donné que les agents ne représentent plus la même menace pour Néo, des virus ont été introduits dans le système. Les Virii, de leur nom de code, sont programmés pour infecter Néo et le neutraliser. Ce qu'ils réussissent. Éjecté de la matrice, Néo se retrouve dans le vrai monde, sans pouvoirs et incapable d'y retourner. Mais il doit le faire au plus vite : Morphéus et Trinity, prisonniers de la matrice, ne parviennent plus à contenir les attaques des Virii qui se multiplient à un rythme alarmant.